有机肥来源的肥料对植物和土壤都有好处，如果使用得当，一般不会燃烧或损坏植物。有机肥料刺激土壤微生物繁殖，改善土壤结构。土壤微生物在将有机肥料转化为可被植物吸收的可溶性养分方面起着重要作用。
 

　　通常有机肥料可以提供次生和微量营养素的需要，有机肥料氮、磷、钾的来源比化学肥料相对较低，但是可以保持土壤肥力更持久一些。因此，有机肥对植物的影响通常是更微妙的。假如有机肥应用到草坪，它可能需要一段时间才能看到结果，但回报是草坪保持绿色的时间。
 

　　有机肥可以改良土壤、培肥地力。肥料施入土壤后，有机质能有效地改善土壤理化状况和生物特性，熟化土壤，增强土壤的保肥供肥能力和缓冲能力，为作物的生长创造良好的土壤条件。可以增加产量、提高品质。有机肥料含有丰富的有机物和各种营养元素，为农作物提供营养。有机肥腐解后，为土壤微生物活动提供能量和养料，促进微生物活动，加速有机质分解，产生的活性物质等能促进作物的生长和提高农产品的品质。
 

　　使用有机肥料可以提高肥料的利用率。它含有养分多但相对含量低，释放缓慢，而化肥单位养分含量高，成分少，释放快。两者合理配合施用，相互补充，有机质分解产生的有机酸还能促进土壤和化肥中矿质养分的溶解。有机肥与化肥相互促进，有利于作物吸收，提高肥料的利用率。